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L’agent tératogène est une substance reconnue pour entraîner des anomalies congénitales à la suite d’une exposition durant la grossesse. Certains agents tératogènes peuvent être des drogues (p. ex., des médicaments d’ordonnance comme le lithium, un médicament contre l’épilepsie ou des drogues à usage récréatif). Certaines infections, comme la rubéole ou la varicelle peuvent aussi être des agents tératogènes. Sans le savoir, la mère peut exposer le fœtus à des agents tératogènes dans l’utérus. Par exemple, dans le cas de la PCU, une mère atteinte de phénylcétonurie, ne respectant pas la diète prescrite, possède un taux très élevé de phénylalanine qui passe dans le fœtus par la circulation placentaire et mène à des anomalies congénitales chez le fœtus, comme des maladies cardiaques.

Ce sont souvent les généticiens et les conseillers en génétique qui fournissent des conseils aux mères et aux enfants exposés à des agents tératogènes.